場所東根市本丸東5-18

　伝承では、天平九年（737）、聖武天皇の勅命を受けた僧行基によって、日塔大桜に開山した。

　文献史には、薬師寺は元和九年にはすでに現在地に所在していたとされる。正保年間、山形の宝幢寺の末寺として宝幢寺二十二世宥後によって中興開基され、同時に薬師堂も移建再興された。宝幢寺との本末関係は明治二年まで続き、その後は山形誓願寺の末寺となっている。